菌株標示清楚 必須明確標示菌名、菌株來源、生產方式等。最好經過人體臨床實驗證明、有國際專業文獻發表或是取得專利的菌種。 2.菌種數及菌株數在合理範圍 菌株數並非越多越好，以腸道空間來說每天服用的活菌數最好能在20億以上，100億是最適合的，市售益生菌菌數及價格市購買關鍵，到底服用益生菌多少億能存活到腸道?。就如同標榜100億活菌數真正抵達腸子時剩下幾十億?
另外菌種盡量越單純越好，因為益生菌是有地域性的微生物，如果兩種不同的益生菌定殖於相同空間，只會彼此互相攻擊競爭生存空間，反而使腸道菌叢更難達到平衡，因此添加的菌種數最好不要超過三種。 3.可信賴的廠商 最好選擇GMP認證的製作廠，較能確保每一批產品的品質水準。最好不要購買不能提供生產來源的產品。 4.活菌比死菌好 死菌吃到體內依舊能產生作用，然而無法在腸內自行繁殖更多益生菌，所以需要時常補充；而活菌則能在體內定殖下來，並一代一代繁殖下去。 5.粉末劑型較穩定 膠囊劑型容易受潮，粉狀劑型抗濕效果較好，同時也能有效隔絕空氣，能延長菌種存活的時間。
服用時間 空腹是食用益生菌的最佳時刻，因此
1.益生菌的時候最好能保持空腹狀態。 早餐前空腹 晚上睡前空腹如有服用其他藥物時，請於1個半小時至2個小時後食用益生菌。
2.每天都要食用 因為益生菌通常只會在腸道存活3到5天，作用完後即排出體內，所以應該每天補充。
3.每天要吃足量 每日補充的益菌數最好能達到100億，否則可能無法達到期望成效。
4.飲食的配合 盡量避免的食品及藥物 以下這些食物及藥物會破壞益生菌的活性，甚至會將益生菌給殺死，因此在食用益生菌時記得要避開，要不然吃下的益生菌就白費了。
刺激性飲品>>對益生菌的生長有害，最好不要飲用，例如咖啡、茶、酒、可樂、汽水、冰冷飲料等。高油脂食物>>油炸食物、煎煮食物、堅果、香腸、奶油、豬皮、脂肪含量高的肉類等。
高蛋白質食物>>高蛋白飲食會使壞菌滋長，抑制益生菌。如：蛋類、魚、動物性肉類（豬、牛、羊）、低脂牛奶等。
藥物>>抗生素，抗生素會將益生菌給殺死。乳鐵蛋白>>乳鐵蛋白具有抑制細菌生長的能力，而益生菌也是細菌的一種，所以乳鐵蛋白跟益生菌是不能同時服用的。
其他>>蜂膠的殺菌效果不利於益生菌的生長，因此千萬不要跟益生菌同時服用。 盡量配合的食物 益生菌也是需要養分才能生長的，「益生素」能促進益生菌的活性，使益生菌加倍的生長。因此食用益生菌時最好能一起服用，能達到更好的效果。
高纖食物>>富含膳食纖維的食物都很適合，例如五穀根莖類、綠葉蔬菜、豆類等都含有大量的纖維質。 含寡糖食物>>例如洋蔥、牛蒡、香蕉、蜂蜜等。
飲品>>寡糖飲料、室溫開水，果汁等，其中番茄汁特別能夠促進益生菌生長的速率。
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